Program Baltské univerzity byl založen v roce 1991 na popud rektora Univerzity Uppsala (Švédsko). Návrh začít se spoluprací univerzit vznikl již dříve, protože univerzity jsou klíčovými hráči při mírovém a udržitelném rozvoji v regionu, ale teprve pád železné opony umožnil toto propojení Východ – Západ. V době založení bylo hlavním cílem vytvoření kurzů z oblasti ochrany životního prostředí, rozvoje společnosti a pro posílení demokracie, které budou univerzity sdílet, vyučovat paralelně a které budou umožňovat s využitím moderních technologií také online spojení mezi studenty v různých zemích. V roce 1991 nebyl ještě internet a Baltský program (BUP) využíval faxy a satelitní televizi pro udržování kontaktů mezi univerzitami. Partnerem pro BUP byly Švédské telekomunikace, distributoři veškerého rozhlasového a televizního vysílání ve Švédsku a také Nordic Tele X satelit pro vysílání, který měl ideální pokrytí v regionu Baltského moře. Byl to ve své době velmi inovativní přístup, umožňující přímé tele- a videokonference mezi různými školami v regionu.
Původní síť zahrnovala cca 220 vysokých škol ze 13 zemí, které patří k úmoří Baltského moře. Jedná se o Německo, Dánsko, Švédsko, Finsko, Estonsko, Lotyšsko, Litvu, Rusko, Bělorusko, Ukrajinu, Slovensko, Českou republiku a Polsko. Oficiální řečí BUP je angličtina, některé kurzy byly přeloženy rovněž do ruštiny. Pro ukončení kurzů jsou zavedeny stejné zkušební otázky a udělení mezinárodního diplomu. V současnosti pozbývá výuková část počáteční naléhavosti a celý program se spíše orientuje na podporu rychle se rozvíjejících oblastí výuky pro podporu udržitelného rozvoje.