Administrativně je program Baltské univerzity řízen sekretariátem, který sestává z ředitele programu, manažera sítě univerzit a několika asistentů. Tento sekretariát sídlí na Geocentru Univerzity Uppsala. Úkolem sekretariátu je podporovat a rozvíjet regionální spolupráci a kontakt mezi organizacemi v rámci BUP. Sekretariát zodpovídá za ekonomiku BUP, včetně kontaktu s financujícími organizacemi. V současnosti hlavními zdroji financí pro BUP kromě členských poplatků univerzit jsou švédská vláda a Univerzita Uppsala, Švédský institut a oddělení pro Baltské moře v SIDA (Švédská mezinárodní agentura pro rozvoj). Další finance jsou získávány od Severské rady ministrů, z některých programů EU a rovněž z finských fondů. Sekretariát organizuje tvorbu nových kurzů a materiálů pro kurzy, včetně knih a filmů. Vede kalendář dohodnutých aktivit a administruje konání různých setkání a konferencí v rámci programu. S tímto sekretariátem spolupracují tří přidružené sekretariáty se specializovanými úkoly:
Přidružený sekretariát a Finské národní centrum BUP sídlí na Centru pro kontinuální vzdělávání na Åbo Akademi University v Turku, Finsko. Finský sekretariát se zabývá rozvojem kompetencí pedagogů v rámci BUP.
Přidružený sekretariát v Hamburgu, Německo, sídlí na Hamburg University of Applied Sciences. Německý přidružený sekretariát má na starosti podporu výzkumu a vědeckých publikací v BUP.
Přidružený sekretariát a Polské národní centrum BUP sídlí na Lodz University of Technology. Polský sekretariát organizuje kurzy a konference, zejména studentské a Ph.D.
Na národní úrovni tyto aktivity řídí národní programová centra. Činnosti BUP se aktivně účastní univerzity ze 13 zemí. Centra zodpovídají za komunikaci, šíření informací, organizaci národních BUP konferencí, správu výukových materiálů pro kurzy a podporují sekretariát při výběru účastníků mezinárodních konferencí. Napomáhají také kontaktu mezi univerzitami při vyhledávání partnerů pro nové projekty apod. Ředitelé národních center se pravidelně dvakrát ročně scházejí, aby probrali další vývoj programu a podali zprávy o stavu BUP ve svých územích.
Na celý program dohlíží mezinárodní rada, kterou jmenuje vždy na tři roky rektor Univerzity Uppsala. V radě jsou kromě zástupců Univerzity Uppsala také dva ředitelé center ze Střední nebo Východní Evropy a dva zástupci studentů. Rada schvaluje strategické směřování BUP a jeho hospodaření.
Od r. 2016 je zavedeno půlroční předsednictví jednotlivých zúčastněných zemí podle rotačního kalendáře. Předsedající země odpovídá za organizaci každoročních akcí v době svého předsednictví a může navrhnout i další aktivity.