Program Baltské univerzity se snaží najít inovativní způsoby interakce mezi univerzitami a univerzitami a společností. Cílem je podpořit silná lokální a mezinárodní vzdělávací společenství. Proto je BUP inovativní sítí už ze své podstaty.
BUP se soustřeďuje na otázky udržitelného rozvoje, ochranu životního prostředí a rozvoj demokracie v regionu Baltského moře. Hlavním záměrem je pak podpora klíčové úlohy univerzit jako demokratických a mírových institucí. Tento cíl je naplňován pomocí rozvoje univerzitních kurzů, spolupráce na interdisciplinárních vědeckých projektech, a účastí na projektech, do kterých jsou zapojeny i úřady, města, samosprávné a další orgány.